Een monumentaal gebouw en een bloeiende Joodse gemeente: aan het begin van de Tweede Wereldoorlog kon met niet vermoeden dat vijf jaar later de gemeente tot slechts tientallen leden was gedecimeerd. In 1930 telde zij nog zo’n 500 personen, na afloop van de oorlog slechts zestig en enkele jaren later waren dat nog maar dertig personen.
Er werd besloten om de synagoge te verkopen, omdat de Joodse gemeenschap niet meer in staat was een dergelijk kostbaar gebouw te herstellen en te onderhouden. Het gebouw werd in 1947 verkocht en er vestigde zich een machinefabriek in: S.A.B. (Speciaal Apparaten Bouw). Ter hoogte van de vroegere vrouwengalerij werd een betonnen vloer aangelegd.
In de jaren zeventig kwam de synagoge leeg te staan en in 1976 kocht gemeente Zutphen het pand met als doel het te slopen en ruimte te maken voor woningbouw.

De stichting tot Behoud Synagoge Zutphen zette zich in om dit te voorkomen: men wilde het gebouw terugkopen van de gemeente voor restauratie. De Rijksdienst voor de Monumentenzorg plaatste de synagoge op de voorlopige monumentenlijst en hiermee werd sloop voorkomen. Door uiterste financiële krachtsinspanning van begunstigers, fondsen en overheden kon de synagoge worden aangekocht van de gemeente en vervolgens voor het symbolische bedrag van één gulden overgedragen aan Gelderse Kerken. De synagoge was gered.
Restauraties
In 1922 werd het gebouw gerestaureerd, geschilderd en van elektrisch licht voorzien. Het plafond werd blauw geschilderd, het ijzeren ventilatierooster verguld en rondom voorzien van gouden stralen. Muren en kolommen kregen naar mode van die tijd bruine decoratieve vlakken en een zogenaamde Griekse rand.
Nadat de Joodse gemeente het gebouw in 1982 had overgedragen aan Gelderse Kerken nam stichting Behoud Synagoge, gesteund door donateurs en fondsen, de restauratie- en inrichtingskosten voor haar rekening. Op 15 december 1985 – de achtste dag van het Chanoekafeest – werden de lichten in de herbouwde sjoel ontstoken en en feestelijk heringewijd. Sindsdien gebruikt de Joodse gemeente de bovenverdieping weer voor diensten en lessen.
Een filmpje over de restauratie en het weer in gebruik nemen van de synagoge staat op de site erfgoedcentrumzutphen.nl.